Η ΑΕΚ Θεσσαλονίκης αποτέλεσε τον προπομπό του ΠΑΟΚ. Το 1926 κάποια μέλη του συλλόγου δεν ήθελαν να είναι αποκλειστικά προσφυγικός και αποσκίρτησαν δημιουργώντας τον Πανθεσσαλονίκειο Αθλητικό Όμιλο Κωνσταντινουπολιτών…Η ΑΕΚ Θεσσαλονίκης ξεκίνησε δυναμικά δημιουργώντας τμήματα ποδοσφαίρου, μπάσκετ, κολύμβησης, ποδηλασίας και στίβου. Έδρα της ήταν ο χώρος που στεγάζει σήμερα την Θεολογική Σχολή.Η ποδοσφαιρική ομάδα παρέμεινε ισχυρή μόνο για μια χρονιά, μιας και η αποχώρηση μελών του σωματείου και η δημιουργία του ΠΑΟΚ αποδυνάμωσε τους κιτρινόμαυρους. Το φθινόπωρο του 1927 η ΑΕΚ αναγκάστηκε να αποχωρήσει από τις ποδοσφαιρικές διοργανώσεις λόγω έλλειψης καλών παικτών. Η τριετής γερή κόντρα των δυο σωματείων πήρε έτσι τέλος. Ένα σημαντικό στοιχείο όμως είναι ότι η συνένωση ΑΕΚ και ΠΑΟΚ δεν πέρασε ποτέ από το Πρωτοδικείο. Απλά η ΑΕΚ έπαψε να υφίσταται.
