В 2004 году Шкода представила второе поколение Октавии (A5), построенной на новой платформе. Автомобиль увеличился в размерах по ширине, длине и высоте, что дало больше простора для задних пассажиров. Двигатели подверглись модернизации и стали более мощными и экологичными. В линейку был добавлен 2-литровый турбодизель мощностью 140 лошадиных сил и новые силовые агрегаты от Volkswagen с прямым впрыском топлива FSI: 1.6 литра и мощностью 116 лошадиных сил, 2.0 литра и мощностью 150 лошадиных сил.Рестайлинг FL (2008-2012)
В 2008 г. был проведен очередной рестайлинг. Существенно изменился внешний вид и интерьер автомобиля. Линейка двигателей пополнилась новым 1.4-литровым бензиновым турбированным агрегатом (CAXA), а для работы в паре с бензиновыми 1.4- и 2.0-литровыми моторами появилась 7-ступенчатая роботизированная коробка передач.